巻末参考文献ほか

「万物の理論は究極のアンサンブル理論に過ぎないのか？」http://arxiv.org/abs/gr-qc/9704009
ざっと冒頭を読むと、「すべての数学的に可能な宇宙は物理的にも存在していると考えられる。なぜなら十分に複雑な数学構造はその内部に意識を持った存在を内包するのでその存在によって宇宙が認識される」というような、物理の論文じゃなくてイーガンのSFだろ、ってような話が書いてあります。

水がないことについて

そもそも、水があって当然と考える方が不自然です。この宇宙の水はかなり特殊な物質で、内部が微妙に＋と−になってて互いに特定の方向で引き合うなど、いろいろ他の物質にみられない性質を持っています。

なぜ原子核と電子でなく、原子核相当のものしかないか。

＋と＋の粒子だけでも引き合うので物質を作るのに反対電荷の粒子がいならいし、一種類だけで十分複雑なんで二種類考えるとわけわからなくなる、という理由でしょう。
原子の間で電子をやりとりするのが化学反応、原子核をやりとりするのが核反応となります。原子核しかないと、化学反応と核反応のあいだくらいのエネルギーが日常的に表れることになります。じじい核爆発四散とか。