LINUX 用リアルタイム高分子鎖シミュレーション可視化コード。スクリプト mk を実行で実行ファイル ao が出来る。コマンド入力式でコマンドは com.txt に詳細。例として "ao < t" ではじめガウス鎖、次にほぼself-avoiding な鎖をシミュレート。モデルは三次元空間にヒモがあり、自分自身と交差すると一定のエネルギーを損して、エネルギーEの状態が exp(-E)に比例した確率で出現するもの。メトロポリス法によりexp(-E)の確率を実現。
10/31追記：毎回 exp(Δ/kT)を計算してたのをテーブル参照にして高速化。Monte Carlo 屋としてこんなのを見逃してたとは不覚。
パラメータをθ点に調節してφ^6項の強さを変えて繰り込みの流れを見てガウス点にゆっくり吸い込まれる様子を図示してlog補正を示す研究の予定。
